Saint-Lizier aurait été fondée par Pompée de retour d’Espagne en 72 av. J-C. sur un territoire alors peuplé par un peuple portant le nom de Consorani (dont est tiré le mot Couserans). De cette époque gallo-romaine, Saint-Lizier qui portait alors le nom de Lugdunum Consoranum conserve encore des remparts, les plus importants de l’époque avec ceux de la ville rivale de Lugdunum Converanum, Saint-Bertrand de Comminges, l’autre ville importante de Novempopulanie.

Si la tradition fait de saint Valier le premier évêque du Couserans, c’est de son successeur Glycerius ou Lycerius que Saint-Lizier tient son nom actuel. Après une période wisigothique, Saint-Lizier passe sous domination franque en 507 et annexée au royaume d’Austrasie en 587. De cette période à la Révolution, pas loin de 77 évêques se sont succédés sur le trône épiscopal du Couserans.

Ces derniers exerçaient leur souveraineté concurrement avec les comtes de Comminges sur l’ensemble du comté du Couserans, comté qui avait érigé par Charlemagne. Ce sont eux qui embelliront la ville de Saint-Lizier, véritable capitale régionale.

La période médiévale verra l’affrontement des comtes de Comminges au évêques du Couserans pour la possession de la cité épiscopale de Saint-Lizier. Vers 1130, le comte Bernard Ier s’empara de la ville, la pilla et la brula, permettant au bourg voisin de Saint-Girons de prendre son essor. Après une période d’accalmie, le conflit reprit de plus belle en 1177 mettant en scène cette fois le comte Bernard IV allié aux sires de Montégut.

L’intervention de Simon de Montfort en 1216, puis de l’archevêque d’Auch en 1230, confirma la souveraineté de l’évêque sur la cité episcopale : le comte de Comminges devant rendre hommage à l’évêque (jusqu’en 1540, date de la réunion du Comminges et du Couserans à la couronne) en échange de droits consentis à ce dernier.

Si les seigneurs de la vicomté du Couserans changèrent à travers les siècles (dont les comtes de Foix, ceux comtes de Comminges ou encore les seigneurs de Lomagne ou de Narbonne), les évêques du Couserans furent toujours souverain de Saint-Lizer qu’ils tenaient directement du roi.

Saint-Lizier possédant les reliques d’un saint, vénéré au-delà de la cité, devint une étape secondaire du pèlerinage de saint Jacques de Compostelle. Saint Lizier se composait alors de deux villes juxtaposées ayant chacune jusqu’au XVIIéme, sa cathédrale, mais… un seul évêque. Ce n’est qu’avec Bernard de Marmiesse que l’église de Saint-Lizier perd son statut de cathédrale. Celle de Notre-Dame de Séde perdra son statut plus tard, à la Révolution, avec la réunion de la vicomté du Couserans avec le comté de Foix dans le département de l’Ariège.